(誤)Reader Storeの書籍数が少なくて読む本がない(正)他にも書店がたくさんある

公式サイトのReader Storeの取り扱い書籍数が少なく、Sony Readerで購入できる本がないと誤解されがちですが
DRM無しのXMDFおよびEPUBとかにも対応しているので、多くの電子書籍書店やサイトから入手可能です。

日本語の本だと、XMDF で検索するといろいろ見つかります。
電子書店パピレスやビットウェイブックスなどあります。

英語ですとEPUB形式が主流ですのでepub storeやepub free でいろいろあります。

(誤)専用転送ソフトでしか転送できない・(正)コピペーで可能

専用の転送ソフトはWindows版しかありませんが、ストレージとしてマウントしますのでファイルのコピーで転送可能です。
LinuxだろうがMacだろうが動くと思います。
詳しくはこちらを見てください。

ただし、Reader Storeで購入したDRM付きの書籍は専用ソフトが無いと転送できません。

(誤)仕様がクローズド・(正)むしろオープンな方

Sonyということもあり、誤解されがちですが、Reader Storeで購入した書籍にDRMが付いてて、それがSony Readerでしか読めないだけです。
こういうことは、KindleだろうがNookだろうかiBooksだろうがやっています。

ただKindleやNookはAndroid用やiPhone用のアプリなどでていて広く使えます。この点ではReader Storeは遅れていますが、これはReader Storeの問題です。
別に他の書店で購入した書籍も読めますのでクローズドではありません。

KindleもPDFに対応していますので、今やクローズドな端末はありません。
Sony ReaderはEPUBにXMDF対応で他の書店から購入した書籍がそのまま読めますのでKindleやNookより対応形式は多く１番オープンといってもいいぐらいです。

(誤)高解像度で綺麗・(正)目の負担が少なく読みやすい

Sony Readerはきれいで見やすいという知識しかなくて、実際に手に取ってみると中には携帯電話とかの液晶の方が綺麗と感じる人もいるでしょう。
これはある意味当然で、Sony Readerは解像度800x600で、16階調グレースケールでコントラストも低いです。新聞紙と同等の品質と言われています。
特にIS03やiPhone4などの高解像度の端末の方が綺麗に見えるでしょう。

ただし、実際に本を数分読んでみると、普通の液晶とSony Readerで使われているE-Inkディスプレイとの読みやすさの違いがわかると思います。
(違いがわかりにくければ、眩しいぐらいの所で見比べるといいでしょう)
コントラストが低いほうが読みやすいというわけではありません。発光している液晶を見るのが目の負担になります。
紙の本を読んでいるいるのと同じぐらいの感覚で読めます。(紙質はあまりよくありませんが)

ちなみに、IS03/iPhone4のような高解像度の液晶を使った電子書籍端末がGALAPAGOSです

(誤)ソニーストアからしか買えない・(正)多くの量販店で購入可能

ソニーストアがMacのSafari対応していなかったぐらいで大騒ぎしてた人いましたが、
Googleのショッピング検索でも楽天でも取扱店はいくらでもあります。
(どこも値下げがないので、ソニーストアで買うのがお得なのですが)

また多くの量販店で取り扱っていますので近所からでも買えるかもしれません。

　あとIE6/IE7のみ対応と誤解されていますが、記載漏れなだけで、IE8も大丈夫です。
正確にはSafariやChromeが弾かれているようです。

(誤)ページの送り時の反転するので出来が悪い・(正)E-Inkディスプレイの仕様上の制限

Sony Readerに限らずE-Inkディスプレイの仕様上、ページの切替時には白黒反転していまいます。
同じ世代のディプレイ使っているKindleも同じような動作をします。
慣れると気にならなくなります。（そうでないと海外でKindleがあれほど売れていません)

E-InkじゃないEee Noteなど、似たコンセプトの端末は出てくるみたいですが
どれも、長時間のバッテリ寿命や目への負担という点ではE-Inkに遠くおよびません。