Sony Readerとは
Sonyが販売している電子書籍専用端末です。E-Inkディスプレイ搭載が特徴です。
現在日本では５インチのPocket EditionとSDカードスロットに音楽再生機能が追加された6インチのTouch Editionが販売されています。

日本で家電量販店で普通に売ってたり店によっては３年長期保証が付くなど、普通に買える唯一のE-Inkディスプレイ搭載端末です
(KindleはAmazon.comのみの直販・その他にもIriverやらあるけど、取扱店が少なすぎる)

Kindleとの違い

Kindleも同じくE-Inkディスプレイを搭載しています。
英語書籍しか買わない、自炊しかしない。個人輸入とか慣れてるならKindleに部があるでしょう。
日本語の書籍が欲しい。３年保障とかあると安心などの場合はSony Reader

Kindleは標準で日本対応していない
ただKindleはamazon.comからの直販で日本では発売されておりません。
日本語入力ができないので当然検索もできません。
日本語書籍も販売されていません。Sony Readerでの扱い書籍数はまだ少ないですがXMDF対応なので沢山の電子書籍サイトから書籍を購入した本をそのまま読めます。

対応形式が違う

Kindleは標準形式にはPDFだけ対応していますが(変換という手間をかければ他のもどうにかなるでしょう)
Sony ReaderはPDF以外にもXMDやEPUBという標準形式に対応しています。そのおかげで多くの電子書籍サイトからダウンロードしたものをそのまま表示できます。
一方 kindleはzip圧縮jpeg対応しています。あれな人にはいいかもしれませんね。

外見が異なる

Kindleにはキーボード付きでサイズが大きくなっています。
キーボード付きがいいかどうかはや本体カラーリングは好みが分かれるところです。

私は、リーダーにはキーボード不要だと思います。色は明るい色の方がいいかなと思います。

オプションが違う

Sony ReaderのTouch EditionにはSDカードスロットがついています。(kindleも古いのには付いていた)
一方 Kindleの場合wifiと3g搭載モデルがあります。
Sony Readerにせよ、Kindleにせよ内部ストレージが2Gと4Gですので、コミックとかスキャンした画像ベースの文章を読むには容量が少なくやりくりしないといけないでしょう。
ネット接続でどうにかするか、SDカードに入れるかは好みの問題でしょう

ネットの場合保存容量に制限はありませんが、外でのデーターの転送は遅かったりまたパケット代がかかる場合があります。
一方SDは16GBが３千円ほどで手に入りますが、容量の制限があります。

Kindleの魅力

Webkitのブラウザー搭載やアプリ開発環境などわりと面白い方向に進んでいます。
電子書籍端末としてはクローズドな形式で不安はありますが、カラー化も早そうですし将来面白い端末になりそうです。
日本での正式な展開が楽しみですね

Kindleとの技術的な違いなどこの記事が詳しいです
http://ascii.jp/elem/000/000/556/556728/index-4.html

Galapagosとの違い

E-Inkディスプレイと液晶の違い

こちらはカラー液晶です。なのでE-inkとは見え方が根本的に違います。
E-inkの場合は、180度の視野角でどの角度からも見えますし、直射日光下や明るい所でも読めます。
また、液晶が光らないのでとても目にやさしいです。
１日中液晶ディスプレイを眺めて、目が疲れることがある人にはE-inkは特におすすめです。

まだ動作時間もE-inkよりは短いです。E-Inkの場合は表示時間というよりも、ページ切り替え回数に依存します。
だいたい、小説で1万ページ切り替えれますので、連続で20冊(60時間)ぐらいは読めますが、液晶の場合 10時間ほどとされています。

ただし、液晶といっても高解像度の液晶を搭載しており、10インチで1,366×800と他のタブレット端末とは比べ物にならない読みやすさを実現しています。
高解像度の液晶の素晴らしさはiPhoneのRetinaなどのレビューを読めばよくわかります。

Sony Readerと比べるとネット機能やアプリ機能もあります。

カラーの読書専用端末が欲しい場合は日本だとGalapagosの一択ではないでしょうか。
海外だとNookがありますが、液晶の解像度低いです。

ただ高機能のせいで値段も高めになっているのが気になります。
また、今後高解像度の液晶を搭載したタブレット機が登場した場合差別化が難しくなりそうです。

Galaxy Tab/iPadなどタブレット端末との違い

同じくカラー液晶ですので見え方も異なり、動作時間は短いです。

汎用機の問題点

これらは汎用機なので、専用機に比べると操作は複雑になってしまいます。
機会が苦手な方やお年寄りが読書目的として使うには、機能や間違って選択してしまう操作が多すぎます。

またその分、値段も高額です。
さらに、大きく・重かったりしますので、読書専用としては不自由な点が多いです。

ただし、そのぶん高性能でパソコンと同等のことができますので読書以外のことがメインならお薦めです。
またクリエイティブのZiiOなど安価な汎用タブレットも登場してきました。

紙との違い

今のところE-Inkの解像度は新聞紙程度ですので、文字見やすさなどは紙の方が上です。
また、好きなページへの移動や書き込みが自由にできるなど、紙の方が有利な点は多々あります。

しかしながら、場合によってはE-Ink端末の方が利点があることもあります。
　まずは、重さとスペースという点では電子書籍に利があります。
持ち運びに便利で、通勤電車でのハードカバー本より扱いやすく旅行などに数冊持っていくよりは軽くすみます。
数千冊購入しても自宅で保管場所に悩む必要もありません。

家にいながら本が購入できる点もプラスです。
試し読みもできますので、Amazonとかで実際の書籍購入前に電子書籍端末で試すのもいいでしょう。

それ以外にも、文字の大きさを変えれるので高齢者でも読みやすい。文字を検索可能な点もプラスです。
青空文庫など無料の書籍が豊富にあるのもうれしいですね。

電子書籍顛末に慣れてくると、実際の本よりもページめくるのが楽に感じたりします。